土地增值税清算的条件：
1、房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
2、整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
3、直接转让土地使用权的。
清算流程：
一、取得土地使用权所支付金额的分配
二、房地产开发成本的分配
1、分期开发的，如果各期完工情况不同，应按建筑面积法对各期开发成本进行分摊
2、在同一期开发成本中，应按层高系数法对不同类型的房屋进行开发成本的分配
三、开发费用的分配
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
四、与转让房地产有关的税金的分配
房地产企业在转让房产时缴纳的印花税因列入管理费用中，故不允许单独再进行扣除。允许扣除的只有营业税、城市维护建设税、教育费附加。地方教育费附加能否在此项扣除，具体要看当地税务机关的规定。核定允许扣除的与转让房地产有关的税金金额，按转让不同类型房地产收入与税金配比原则进行分配。
五、财政部规定的加计20%扣除数的分配
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]第6号)第七条第(六)项规定，对从事房地产开发的纳税人可按取得土地使用权所支付金额与房地产开发成本之和，加计20%的扣除。即加计扣除数=(土地款+开发成本)×20%。计算出加计扣除数后也按照层高系数法对已售的不同类型的房屋进行分摊。
六、汇总不同类型房屋的扣除项目金额
1、普通住宅扣除项目金额=取得土地使用权所支付金额+房地产开发成本+房地产开发费用+与转让房地产有关的税金+财政部规定的加计扣除。
2、非普通住宅扣除项目金额=取得土地使用权所支付金额+房地产开发成本+房地产开发费用+与转让房地产有关的税金+财政部规定的加计扣除。
3、商用房扣除项目金额=取得土地使用权所支付金额+房地产开发成本+房地产开发费用+与转让房地产有关的税金+财政部规定的加计扣除
七、计算不同类型房屋的增值额
1、普通住宅增值额=普通住宅销售收入-普通住宅扣除金额。
2、非普通住宅增值额=非普通住宅销售收入-非普通住宅扣除金额。
3、商铺增值额=商铺销售收入-商铺扣除金额。
八、计算不同类型房屋的增值率
1、普通住宅增值率=普通住宅增值额/普通住宅扣除金额。
2、非普通住宅增值率=非普通住宅增值额/非普通住宅扣除金额。
3、商铺住宅增值率=商铺增值额/商铺扣除金额。
九、查找土地增值税税率
纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额20%的，应就其全部增值额按规定计税。
十、计算土地增值税
土地增值税税额=增值额×使用税率-扣除金额×速算扣除数。